איתא בגמ' (יבמות ד') שמזה שנאמר "לא תלבש שעטנז גו'" ובסמיכות לזה נאמר "גדילים תעשה לך גו'" למדים שמותר לעשות ציצית מן הכלאים (וגם בגדי כהונה היו מכלאים).

וצריך להבין מדוע לא מצינו שכלאי בבהמה וכלאי זרעים יהיו מותרים לדבר מצוה? ומדוע בבשר בחלב ישנו הוא אמינא במכילתא שמותר לאכול בשר בחלב לדבר מצוה ורק שמזה שנאמר "ראשית גו' תביא בית ה' אלוקיך. לא תבשל גדי בחלב אמו" למדים שבשר בחלב אסור גם בדבר מצוה.

ויובן בהקדים ביאור הרמב"ן בהחילוק שבין כלאי בגדים (שאוה"ע משיבים עליהם מפני שטעם איסורם נעלם) לכלאי בהמה וזרעים (המובנים בשכל), שכלאי בהמה וזרעים הוא סתירת הבריאה שברא ה' שכל מין מוליד "למינו" (וא"כ טעם איסורם גלוי). משא"כ בכלאי בגדים שבהם זהו רק חיבור (אך אין זה משנה את ההולדה). וזהו שבשר בחלב הוא ממוצע בין כלאי בגדים לכלאי בהמה וזרעים (שלכן ישנה הווא אמינא שמותר במצוה ע"ד כלאי בגדים), שהרי מצד אחד אין בשר בחלב משנה את ההולדה דהמין, אך מצד שני אין זה רק חיבור ב' מינים (כבכלאי בגדים), כי ע"י הבישול משתנה המציאות הקודמת ונעשה מציאות חדשה. 

והנה, הבחיי מבאר שטעם איסור כלאים הוא שב' המינים מורים על שני כוחות עליונים - חסד וגבורה - שאינם יכולים להתערב. ולכן דוקא בקדושה שבה ישנה ביטול שלכן יכול להיות התכללות חסד וגבורה כי זהו מין במינו - שהכל בטל להקב"ה, יכול להיות כלאים לדבר מצוה, אך בעניני העולם שאין בהם ביטול ה"ז מין בשאינו מינו, ולכן הכלאים אסורים. 

וזהו שכלאי זרעים ובהמה אסורים גם בעניני מצוה, כי כלאי זרעים ובהמה מבטלים את המינים ע"י שפעולת הכלאים הוא "להוליד מינים זרים ומשונים בתולדותם". ודוקא כלאי בגדים שבהם אין המינים משתנים, הנה, בעניני קדושה יכולים ב' כוחות אלו להתחבר, כי החיבור פועל שלום ואחדות (ובבשר בחלב שישנו קס"ד ששייך לסוג של כלאי בגדים ישנו קס"ד שבשר בחלב מותר בקדשים).  

והנה איתא בבחיי שלעת"ל יתבטל איסור בשר בחלב. וי"ל הטעם לזה הוא שבזה"ז מתגלה רק החיצוניות, שלכן נראה שע"י הבישול נעשים מציאות חדשה. אך לעת"ל כשיתגלה הפנימיות אזי יראו את המציאות של הבשר בחלב - הכוחות הרוחניים, שחיבור הכוחות הרוחניים הו"ע שלום.