הגמרא לומדת (וכן הוא ברמב"ם) שפיקוח נפש דוחה שבת מהפסוק "אשר יעשה אותם האדם וחי בהם". וצריך להבין לכאורה פסוק זה הוא המקור שפיקוח נפש דוחה את כל המצוות (חוץ מג'), ואם כן מדוע צריך לימוד מיוחד שפיקוח נפש דוחה שבת? 

ויש לומר שישנו חילוק בין שבת לשאר המצוות, ששאר המצוות נדחים בפני פקוח נפש, משא"כ שבת הותרה לגמרי. 

אך עדיין צריך להבין מדוע הביא הרמב"ם בהלכות שבת "הא למדת שאין משפטי התורה נקמה בעולם אלא רחמים וחסד ושלום בעולם", דלכאורה מדובר בנוגע לכל המצוות ומתאים יותר להביא דין זה בהלכות יסודי התורה, בדין שבכל המצוות יעבור ואל יהרג? 

והביאור: הרמב"ם מביא את הפסוק "וחי בהם" בנוגע לדין שאסור להתמהמה בחילול שבת (ולא בנוגע לעצם הדין שפקוח נפש דוחה שבת), ויש לומר שכוונתו לרמז שצריך לדחות את השבת גם מצד ענינו של שבת (ולא רק מצד פקוח נפש), דהשבת מכריחה לעשות פעולה זו, ואין זה חילול שבת אלא קיום השבת. והביאור: שבת היא "אות היא ביני וביניכם", ואם כן צריך שיהיה איש ישראל כדי שיהי' אות ויראו שה' בחר ועשה אות בינו ובין בני ישראל, ולכן השבת עצמה דורשת להציל את הנפש. 

והנה, ענין זה שייך לכל המצוות, וכמ"ש החינוך ש"סיבת קיום המצוות הוא האדם, וקיום האדם הוא קיום הכל", אך זה מודגש ביותר בשבת, שכנ"ל כל ענין השבת הוא "אות היא ביני וביניכם", ולכן מביא הרמב"ם דין זה בהלכות שבת, כי ענין זה מודגש בשבת וממנו למדים שכן הוא בנוגע לשאר המצוות.