בנוגע לשעיר המשתלח אומר הרמב"ם שבלא תשובה שעיר המשתלח מכפר רק על עבירות קלות ולא על החמורות. וצריך להבין שהרי הרמב"ם פוסק כחכמים הסוברים שיום הכיפורים אינו מכפר בלי תשובה, והרי חכמים אינם מחלקים ביו עבירות קלות לחמורות?

והביאור: השעיר מכפר על העבירה – החפצא, ויום הכיפורים מכפר על הגברא – האדם, כמו שכתוב "לכפר עליכם". ולכן בנוגע לשעיר - לחפצא - ישנה חילוק בין העבירות, כי הכפרה היא על החפצא של החטא, ולכן ישנם חילוקים בנוגע לחטאים, שעל הקלות אין צריך תשובה משא"כ על החמורות.

אך התשובה דיום הכיפורים הוא על האדם, וענין התשובה בהם הוא שהאדם שב לה', ולכן אינו נוגע פרטי החטא, כי כללות האדם צריך לשוב אל ה', ואם כן ללא תשובה אין כפרה כלל. 

וביאור החילוק בין הכפרה דשעיר המשתלח להכפרה דיום הכיפורים ברוחניות הענינים: שעיר המשתלח מבטל את הקליפה שנעשה על ידי החטא, ובדרך ממילא מתבטל הפגם בנפש. וביום הכיפורים מתגלה המדרגה דעצם הנפש שמקושרת בקשר עצמי באלוקות, וכמו שהדביקות דמדרגא זו אינה נפעלת על ידי עבודה כך אינה משתנה על ידי החטא. ואם כן כשמדריגה זו מתגלית, אין צריך לכפר על החטא – כמו שעיר המשתלח – אלא מלכתחילה אין שייך פגם – "לפני הוי' תטהרו".