בנוגע להחילוקי דיעות בין משה ואהרן בענין שעיר ראש חודש שנשרף, ישנו חילוק בין לשון רש"י ולשון הש"ס. דבגמרא (זבחים קא) איתא שאהרן אמר "שמא לא שמעת אלא בקדשי שעה דאי בקדשי דורות ק"ו ממעשר הקל, ומה מעשר הקל אמרה תורה לא אכלתי באוני ממנו בקדשי דורות לא כל שכן". אך ברש"י איתא "אם שמעת בקדשי שעה אין לך להקל בקדשי דורות" (ואינו מביא את הק"ו ממעשר הקל). ויש לומר שלשיטת רש"י קדשי דורות חמורים מקדשי שעה - שלכן אם שמעת בקדשי שעה אין לך להקל בקדשי דורות. אך לשיטת הש"ס קדשי שעה חמורים מקדשי דורות (שלכן אין הגמרא אומרת "אין לך להקל"), והסברא לאסור אכילת קדשי דורות הוא ק"ו ממעשר (ולא מקדשי שעה).   

ויש לומר שרש"י והגמרא אינם חולקים בעצם הענין, שלדברי הכל קדשי שעה סתם (על דרך אליהו בהר הכרמל) קלים מקדשי דורות, וקדשי שעה הפועלים קדושה למשך כל הדורות – על דרך קרבנות המילואים וחנוכת המזבח - חמורים מקדשי דורות, שהרי הם פועלים קדושה בקדשי דורות. והחילוק בין רש"י והגמרא גם בענינינו הוא שלרש"י אף שקדשי שעה פועלים על כל הדורות מ"מ זהו רק בנוגע לחלק הקרבנות הנקרבים אך אכילת כהנים נחשבת כקדשי שעה סתם (הקלים מקדשי דורות, ולכן "אם שמעת בקדשי שעה אין לך להקל בקדשי דורות"). אך לשיטת הש"ס שהוא על פי דרך ההלכה, שלהלכה "כהנים אוכלים ובעלים מתכפרים", ואם כן גם אכילת כהנים נחשבת כקדשי שעה שיש בהם פעולה לדורות. 

ויש לומר שזהו הטעם לחילוק נוסף בין רש"י והש"ס. דלשון הש"ס הוא "הודה ולא בוש לומר שמעתי אלא שמעתי ושכחתי", דלפי הש"ס הלימוד הוא ק"ו ממעשר ואינו תלוי בסברא, דלולא הדין דהק"ו ממעשר הנה מצד הסברא היה גם אהרן אומר שצריך לאכול את שעיר ר"ח באנינות במכש"כ מקדשי שעה החמורים – אם כן צריך לומר שמשה שכח את הדין והלימוד ממעשר. אך לשיטת רש"י, שמשה ואהרן נחלקו בסברא האם הציווי לאכול את הקרבנות היתה קשורה עם היום או שהציווי היה בנוגע לקרבנות המיוחדים באותו היום, לכן אומר רש"י "הודה ולא בוש לומר לא שמעתי" (אך לא שמע ושכח), כי בסברא אין מתאים לומר ששכח את הסברא ולכן אמר היפך הסברא, ולכן אומר רש"י שלא שמע את סברת אהרן.    

וההוראה: קדשי דורות הם ענינים הקבועים מדור לדור בלי שינוי שבהם אין קושי כל כך לנצח את היצר הרע כי ההרגל נעשה טבע. אך קדשי שעה הם תקנות גדולי ישראל מצד דרישת השעה וכו', ולענינים אלו מתנגד יצר הרע בתוקף. וזהו ההוראה מהש"ס שבכלל קדשי שעה חמורים מקדשי דורות. וזהו גם כן הטעם שצריך לשרפם כי אם מקיימם מצד תענוג האדם – שהוא ענין אכילה - אזי יכול להיות אחיזה ליצר הרע, ולכן צריך להיות שריפה - ביטול לגמרי.