ברש"י (כה, כא): "ואל הארן תתן את העדות: לא ידעתי למה נכפל כו' ויש לומר שבא ללמד, שבעודו ארון לבדו בלא כפרת, יתן תחלה העדות לתוכו, ואחר כך יתן את הכפרת עליו". אך הרמב"ן חולק על רש"י ואומר: "אם היה זה צוואה משמעו יותר שאחר שיתן הכפורת על הארון כאשר אמר, יתן בארון את העדות, כי ארון יקרא גם בהיות הכפורת עליו". זאת אומרת שהרמב"ן סובר שהכפורת היא חלק מהארון, ורש"י סובר שארון קאי על הארון ולא על הכפורת, והכפורת הוא כלי בפני עצמו. והנפקא מינה להלכה הוא (כביאור הראגעטשאווער) שלרש"י הכפורת היא כלי שרת (מפני שמתקדשת על ידי ההזאה) שצריכה להיות משל ציבור משא"כ הארון יכול להיות שם היחיד עליו, כמו שכתוב "ויעש בצלאל את הארון" (משא"כ להרמב"ן שהארון והכפורת הם כלי אחד).

והסברת פלוגתתם: לדעת הרמב"ן "עיקר החפץ במשכן הוא מקום מנוחת השכינה שהוא הארון כמו שאמר ונועדתי לך שם ודברתי אתך מעל הכפורת", שהארון והכפורת שניהם משמשים לעדות - לתורה, וממילא להשראת השכינה. אך רש"י סובר שהארון הוא לעדות - לתורה, משא"כ הכפורת הוא דבר בפני עצמו, שתכליתו הוא "ונועדתי גו' ודברתי אתך מעל הכפורת גו'", שאין הכפורת למנוחת השכינה אלא "כשאקבע מועד לך לדבר עמך". 

והנה, יש לומר שעל דרך זה הוא בנוגע להכרובים, דהרמב"ן סובר שגם הכרובים הם חלק מהארון - מקום מנוחת השכינה, שלכן סובר שצורת הכרובים היו כהכרובים שבמרכבת יחזקאל, כי הם שייכים למנוחת השכינה (מרכבה). אך רש"י סובר שהכרובים (הם חלק מהכפורת ו)אינם שייכים לארון (שענינו תורה), ולכן סובר שהיו בצורת תינוק, כי מרמזים על האהבה של הקב"ה לישראל - "כי נער ישראל ואוהבהו". 

והביאור בפנימיות הענינים: פירוש הרמב"ן מגלה דברים נעימים ליודעי חן, ובבחינת הגילוים הקשר של בני ישראל להקב"ה הוא על ידי התורה, ולכן סובר הרמב"ן שגם הכפורת והכרובים שייכים לארון - תורה. אך ברש"י, פשוטו של מקרא, מודגש הפשיטות דאיש ישראל שקשורה עם פשיטות העצמות, שמצד בחינה זו ההתקשרות דבני ישראל עם הקב"ה הוא למעלה מהתורה (וכידוע הפירוש ב"תלת קשרין כו'" שהקשר השלישי הוא בין ישראל וקוב"ה עצמם ללא האמצעי דתורה), שלכן היו הכרובים בצורת תינוק, שהאהבה לתינוק אינו קשורה עם מעלת הבן (לימוד התורה), אלא היא אהבה עצמית, וזהו הטעם (לרש"י) שהכרובים היו למעלה מהארון כי בני ישראל משפיעים בתורה. וזהו הקשר לכפרת לשון כפרה, דכפרה הוא מצד שורש נשמות ישראל שלמעלה מהתורה.