בענין הקרבת קרבן נשיא אפרים בשבת מצינו כמה מדרשים: במדרש רבה בפרק י"ג איתא: "ג' דברים עשו הנביאים שלא כהוגן וקבלם הקב"ה". ובהמשך הענין: "זה קרבן דוחה את השבת ואין קרבן יחיד דוחה את השבת". ובפרק י"ד איתא: "שמא תאמר האיך חילל את השבת והלא אין קרבן יחיד דוחה את השבת כו' אמר הקב"ה לא על פיו עשה שאני אמרתי למשה כו'". ובפרק י"ד ישנו עוד דרש: "מי הקדימני ואשלם מדבר ביוסף כו' אמר הקב"ה יוסף אתה שמרת את השבת עד שלא ניתנה התורה חייך שאני משלים לבן בנך שיהא מקריב קרבנות בשבת כו'". 

הביאור במדרשים אלו: בפשטות אפשר לומר שהחילוק בין המדרש הראשון דפרק י"ג למדרש הראשון בפרק י"ד (שאומר שמותר להקריב את הקרבן לכתחילה - "אני אמרתי") הוא שהמדרש בפרק י"ג סובר ש"שבט לא אקרי קהל" - שלכן אין הקרבן נחשב קרבן ציבור, ולהמדרש בפרק י"ד "שבט אקרי קהל". או שלכולי עלמא "שבט אקרי קהל", אך לפי פרק י"ג הקרבן שהנשיא מביא מכספו אינו נחשב קרבן ציבור, ולפי פרק י"ד גם הקרבן שמביא הנשיא מכספו נחשב קרבן ציבור. 

אך קשה לפרש כן בדעת המדרש בפרק י"ד, כי הלשון "שאני אמרתי" משמע שהבאת הקרבן בשבת הוא מצד ענין מיוחד נוסף על הדין כללי שקרבן דהנשיא נחשב לקרבן השבט.

ולכן יש לומר שהחילוק ביניהם הוא, שלכולי עלמא היה הקרבן בגדר דהוראת שעה, והחילוק בין פרק י"ג לפרק י"ד הוא, שלפי פרק י"ג השבת דחויה - שהקרבן דוחה את האיסור, אך האיסור מצד עצמו לא נתבטל. ולפי פרק י"ד שבת הותרה - שאיסור ההקרבה בשבת מלכתחילה לא נאמרה בנוגע לקרבן זה. דבפרק י"ג ההדגשה היא על קרבנות הנשיאים - ששבת נדחית מפניהם, אך בפרק י"ד ההדגשה היא על השבת - שמצד שבת צריכים להקריב את הקרבן (שקרבנות אלו הם קרבנות יחיד - ואעפ"כ מקריבים אותם בשבת).

ובזה גופא ב' אופנים: (א) שמצד הלכות שבת ההקרבה מותרת - שמלכתחילה לא נאסרו קרבנות אלו (על דרך "עשה דוחה לא תעשה" - שה"לא תעשה" לא נאמר במקרה שישנו "עשה"), שזהו פירוש "שאני אמרתי" שבענין זה לא חל האיסור. (ב) ואופן שני הוא שקדושת השבת מחייבת שיקריבו קרבן זה (ועל דרך ששבת מחייבת פיקוח נפש) ולכן הרי זה שכר ליוסף ששמר את השבת ולכן מקבל הוספה בשמירת שבת - הקרבת קרבן נוסף בשבת. 

וזה שייך ליוסף שענינו הפיכת האחר לבן, ולאפרים שענינו הפיכת "ארץ עניי" ל"הפרני", שלכן בכוחם דוקא להמשיך מבחינת "עד שלא ניתנה", שהקרבת קרבן מוסיפה בשמירת שבת.