סיום סידור אדמו"ר הזקן הוא בספירת העומר, דלא כסידור האריז"ל שמסיים בכוונות הימים טובים דשמיני עצרת ושמח"ת, ויש לומר שזהו מפני שבספירת העומר מודגש עצם ענין התפילה.

והביאור: ישנם ב' סוגי מצוות: (א) מצוות שעיקרם במעשה או דיבור, (ב) ומצוות שעיקרם כוונת הלב ומחשבה. ומצוות התפילה מיוחדת בזה שאף שהמצוה הוא בדיבור מכל מקום עצם המצוה הוא הכוונה שיבקש ויתחנן, ובלי כוונה זו אין זה תפילה (דבשאר מצוות הכוונה היא ענין נוסף על עצם המצוה). וזהו מצד החפצא דתפילה, וגם מצד הגברא דעל ידי שהאדם מתפלל ומרגיש שהוא כעבדא קמיה מריה ומתחנן להקב"ה הנה הוא משתנה. 

וענין זה מודגש בספירת העומר, כי בספירת העומר צריך לספור בדיבור אך אם לא מבין מה שאמר אז אין זה ספירה כלל. ועל ידי הספירה משתנה האדם "לטהר את נפשותינו כו' מכל סיג ופגם".

ושייכות נוספת בין תפילה לספירת העומר הוא בהמבוקש דתפילה. שמילוי הבקשה דהתפילה הוא תוכן מעשה התפילה – בקשה שהקב"ה ימלא את מבוקשו, אך מ"מ קיום מצות תפילה אינה קשורה כלל עם מילוי הבקשה, שע"י התחנונים והתפילה מקיים את המצוה בשלימות. ועד"ז בספירת העומר שענינה הכנה והכשרה לחג השבועות ומתן תורה, וביחד עם זה הספירה הוא ענין בפני עצמו ועד שעל ידו נטהר מזוהמתו.     

והנה, סידור האריז"ל שהוא עבור יחידי סגולה מדגיש לא רק את עבודת האדם אלא מדגיש גם את המבוקש דתפילה - הפעולה על כל העולמות ע"י הכוונות - ולכן מתחיל ב"כללות תיקון ועליות העולמות", ומסתיים בכוונות הימים טובים שענין המשכת הקדושה בעולמות. אך סידור אדמו"ר הזקן, ששוה לכל נפש, מדגיש את עבודת האדם, ולכן התחלת הסידור הוא "מודעת זאת כו' יתאמץ לקום בחצות כו' ולהיות מכלל עבדי ה'". 

והנה האדם יכול לחשוב שעבודתו אינה פועלת על העולם, ולכן סיום הסיגור הוא בספירת העומר שבה מודגש פעולת האדם על העולם, דבכח הספירה של כל יחיד לקדש את חג השבועות (משא"כ שאר הימים טובים שנקבעים על ידי בית דין ולא על ידי היחיד). וזה מתאים עם כללות ענין התפילה שהיא החוט השדרה שממשיך אלוקות בעולמות, וכמודגש בספירת העומר "ועי"ז יושפע שפע רב בכל העולמות".