בזהר פרשתנו מובא שכשהארון הובא למקומו פתח הארון ואמר זאת מנוחתי גו', ר' ייסא אמר שכנס"י אמרה פסוק זה בשעה שנבנה בית המקדש והארון הובא למקומו, ר' חזקיה אמר שהקב"ה אמר פסוק זה כשישראל מקיימים רצון ה', וה' יושב על כסא כבודו ומרחם על העולם, וברכה ושלום וחביבות נמצא. 

והביאור בזה: ג' דיעות אלו הם בהתאם לדעות מהו העיקר במשכן. לדיעה הא' עיקר החפץ במשכן הוא מקום מנוחה לארון (וכך היא שיטת הרמב"ן), ולכן "פתח הארון". ולדעת ר' ייסא העיקר במשכן הוא שיהיה לבני ישראל מקום קבוע לעבודת ה', ובלשון הרמב"ם "בית מוכן להיות מקריבים בו הקרבנות כו'", ולכן אומר שכנסת ישראל אמרה פסוק זה. ולדעת ר' חזקיה עיקר המשכן הוא "ושכנתי בתוכם" - מנוחת הקב"ה, ולכן סובר שהקב"ה אמר פסוק זה. 

ויש לומר שדיעות אלו אינם חלוקות (שהרי הובאו בזוהר ש"לית תמן לא קושיא ולא פירוד"), אלא כל אחד מדבר בשלב אחר דקיום מצות "ושכנתי בתוכם". דעיקר מנוחת הארון היה במשכן (דבחלק מבית ראשון וכל בית שני נגנז הארון). ובבית המקדש הא' והב' היה העיקר מקום קבוע לעבודת ה'. ובבית השלישי - שהוא בנין נצחי - יהיה עיקר מנוחת הקב"ה - "ושכנתי בתוכם" - בתוך בני ישראל - כשהעולם יסייע לבני ישראל. 

וכמו שהמשכן, בית המקדש, ומקדש דלעתיד, הם המשך אחד דמצות "ועשו לי מקדש", כמו כן הענינים שהזהר מדגיש – ארון, בית המקדש, כנסת ישראל, קודשא בריך הוא, הם המשך אחד. דמקודם ישנו שלימות התורה - ארון, ולימוד התורה מביא לידי מעשה - בית המקדש - שהעולם נעשה דירה להקב"ה. ואזי ישנו מנוחה לבני ישראל כשפעלו את הכוונה העליונה. ואז נעשה שלימות הקב"ה, דהקב"ה וכנסת ישראל כולא חד.