הקשר בין י"ב תמוז לפרשת פנחס הוא, שהמסירות נפש של פנחס היה למעלה גם מטעם ודעת דקדושה, דהנהגת פנחס היה "הלכה ואין מורין כן". ולכן זכה ל"ברית כהונת עולם", דזהו למעלה מטעם ודעת דקדושה שבה הכהונה עוברת מאב לבן, ואי אפשר לזכות בה על ידי מעשה טוב. ועל דרך זה המסירות נפש דבעל הגאולה היה מס"נ שלמעלה מטעם ודעת דקדושה, ועד שהיו כמה וכמה מגדולי ישראל שלא הסכימו לסדר זה. וכמו בפנחס, הנה לאחר הגאולה נתגלה שהנהגה זו הוא ענין "אשר קנא לאלוקיו", שהסכימו לעבודה זו. 

וזהו השייכות דפנחס לשם יצחק (דפנחס בגמטריא יצחק), דעקדת יצחק היה לא רק מסירות נפש בגשמיות אלא מסירות נפש ברוחניות, דעל ידי העקידה היה ח"ו נעקר העיקר הגדול ששתל אברהם.

והנה, יוסף הוא בחינת ג' (בגמטריא ג' פעמים שם ב"ן), ויצחק הוא בחינת ד' (בגמטריא ד' פעמים שם ב"ן). וענין ג' הוא גומל דלים, ההכנה להשפיע, ההשפעה כפי שהיא במשפיע. וד' הוא ההשפעה בפועל.

והנה, פנחס היה שליח, ולכן בעיקר נוגע המעשה בפועל, ולכן שייך בעיקר ליצחק. אך בעל הגאולה הוא נשיא, ולכן הכל הוא בשלימות ולכן אצלו ישנו יוסף ויצחק, נעשה ונשמע.

וההוראה הוא שצריך להיות "נשמע", לצאת לעולם כדי לקרב את בני ישראל בפועל ממש. ועל ידי "מקובלני ממך", השייכות למשה יש בו, וגם באלו שמקרב, גם המעלה ד"נשמע".