להבין הקשר בין פרשת בהר לל"ג בעומר. הנה, פרשת בהר מתחילה ב"בהר סיני", אך ממשיכה בירידה בטבע העולם, ועד לירידה דנמכר לעקר משפחת גר. והביאור בזה: התכלית דמתן תורה אינו להישאר בהר סיני אלא לבוא לארץ נושבת, ולהתגבר על כל המניעות ועיכובים (הקא סלקא דעתך ש"הואיל ורבי מגלה עריות אף אני כמותו") על ידי "הר סיני".

וזהו הביאור במאמר רשב"י "שלושה כתרים הם כתר כתר תורה כו' וכתר שם טוב עולה על גביהן". דתכלית התורה הוא להביאה למטה ב"כתר שם טוב" - מעשים טובים. 

והביאור בזה: התכלית דכל הבריאה היא דירה בתחתונים. דגם אלו ש"תורתם אומנתם" התכלית שלהם הוא עשיית דירה בתחתונים. דהנה, אין חבוש מתיר את עצמו, והעלאת העולם הוא דוקא בכח אלו שתורתם אומנתם והם למעלה מן העולם. דהם נותנים את הכח לכל בני ישראל, גם למארי עובדין טבין, שבשעה שלומדים אפילו פרק אחד שחרית הם למעלה מן העולם על דרך "תורתם אומנתם". ועי"ז יש בהם הכח להעלות את העולם ממצב דהעלם והסתר. וזהו "כתר שם טוב" - המעשים טובים שבתורה גופא, ההשפעה על שאר בנ"י שיהיה להם התנועה ד"תורתו אומנתו" - "עולה על גביהם".

וזה קשור עם הנהגת רשב"י בשנה הי"ג (שלכן משנה זו היא משנה י"ג), שלאחר הי"ב שנה במערה - שי"ב קאי על י"ב גבולי אלכסון דהשתלשלות שבה ישנו הפסק בין "חיי עולם" ו"חיי שעה", אך בשנה הי"ג שהיא הבחינה שלמעלה מהשתלשלות הנה - "כל מקום דהוי מחי ר"א היה מסי ר"ש", שמקשרים את העולם גופא עם התורה. 

וזהו הביאור בזה ש"מודה רשב"י שמפסיקין לעסוק סוכה", שכשהלימוד הוא בביטול, אזי התנועה דרצוא (תורתו אומנתו, למעלה מהעולם) והתנועה דשוב (ההמשכה והפעולה בעולם) אינם הפכים, כי האדם הוא בביטול וכל רצונו הוא לקיים רצון ה', ומצד עצמותו שנושא הפכים יכול להיות ב' התנועות בבת אחת. 

וזהו הקשר לפרשת בהר, כנ"ל, ש"הר סיני" שלמעלה מהעולם נמשך ומברר את העולם, ועד שגם כשנמכר לנכרי נרגש בו "אני ה'" "נאמן לשלם שכר" - שהאור האלוקי מאיר בו בגילוי בהשגה.