לדעת הרמב"ם אין עשיית כלי המקדש נמנים בתור מצוות בפני עצמם כי הם חלק מהמצוה הכללית של ו"עשו לי מקדש". אך הרמב"ן חולק על הרמב"ם ואומר "שאין הכלים חלק מן הבתים אבל הם שני מצות ואינן מעכבות זו את זו ומקריבים בבית אע"פ שאין שם כלים אלו", ומונה את המצוה דעשיית ארון (ושאר הכלים אינם נמנים כי הם הכשר להעבודה – המצוה והציווי - הנעשית בהם).

וצריך להבין בשיטת הרמב"ם, שאם נאמר שאין הכלים נמנים בפני עצמם כי הם חלק מהעבודה כי כלי המקדש מעכבין את הקרבנות, נמצא שפוסק כרבי מאיר - שסובר "השולחן והמנורה והמזבחות והפרוכת מעכבין את הקרבנות" - נגד חכמים – "וחכמים אומרים אין לך מעכב את הקרבן אלא הכיור והכן בלבד". ועוד, הרי הרמב"ם עצמו פסק ש"מקריבים את הקרבנות כולם אע"פ שאין שם בית בנוי", שמזה מוכח שאין כלי המקדש מעכבין את הקרבנות.

ולהרמב"ן צריך להבין, הרי מפרש שעיקר הציווי במשכן הוא שיהיה מקום מנוחה לארון, ואם כן זהו הציווי ד"ועשו לי מקדש", ואיך מונה עשיית הארון למצוה בפני עצמה?

והביאור: הרמב"ם והרמב"ן חולקים איזה משני דברים כלליים ששמקדש ומשכן הוא העיקר בציווי דבניית המשכן. להרמב"ם עיקר החפץ בבית המקדש הוא העבודה, ולכן אומר "מצות עשה לעשות בית לה' מוכן להיות מקריבים בו הקרבנות", וא"כ מובן ש"המנורה והשלחן והמזבח וזולתם כולם הם מחלקי המקדש", מפני שעל ידם נעשה המקדש "מוכן". ואם כן אין למנות את הכלים שבהם נעשית העבודה למצוה בפני עצמה, כי העבודה הוא הוא הציווי דבניית המקדש. אך לאחר שנעשה "בית מוכן", הנה אע"פ שנחרב מ"מ מקריבין "אף שאין שם בית" (והכלים אינם מעכבים את הקרבנות).

 משא"כ להרמב"ן, עיקר החפץ בבית המקדש הוא מקום מנוחת השכינה, ואם כן הכלים אינם חלק מעיקר המשכן, ולכן צריך לבאר שהטעם ששאר הכלים לא נמנו הוא משום שהם רק הכשר מצוה. משא"כ הארון אינו הכשר לעבודה ולכן נמנה בפני עצמו.

וזהו הביאור בהברכה שהיו מברכים כשלא נמצא פסול בזרעו של אהרן, "ברוך כו' שלא נמצא פסול בזרעו של אהרן הכהן, וברוך הוא שבחר באהרן ובניו לעמוד לשרת לפני ה' בבית קדשי הקדשים" (דלכאורה הברכה היתה צריכה להיות בסדר הפוך, "שלא נמצא פסול כו'" יכול להיות רק לאחר ש"בחר באהרן ובניו". ומדוע מזכיר את עבודת הכה"ג ביום הכיפורים - "בבית קדשי הקדשים" - ולא את העבודה דכל השנה?). והביאור בזה לשיטת הרמב"ן: אומרים שבח רק כאשר הדבר שעליו מברכין ומשבחין הוא ענין מיוחד בפני עצמו אבל לא כאשר הדבר הוא פרט המוכרח מצד ענין אחר. וזהו שמברכים "לעמוד לשרת", כי לשיטת הרמב"ן, כנ"ל, אין השירות עיקר הציווי דבית המקדש, ואין השראת השכינה תלוייה בעבודת הכהנים. והברכה קשורה עם העבודה בקה"ק דוקא, מפני שעבודה זו דוקא שייכת ל"עיקר החפץ במשכן" - השראת השכינה בבית קודש הקדשים.

אך ישנה גירסא, וכנראה זהו גירסת הרמב"ם, שהברכה היה רק "שלא נמצא פסול וכו'", והמשך הברכה אינה, כי לשיטת הרמב"ם לא יתכן שישנה ברכה שבה מודגש רק העבודה בקדה"ק.

ואין להקשות איך מברכים ברכה על העבודה בקודש הקדשים ביום הכיפורים, שאז ישנה ציווי על העבודה, ואם כן, כנ"ל, אין שייך שבח על ציווי. והתירוץ פשוט: הסנהדרין היו בודקין ביחוסים רק בימות החול ולא ביום הכיפורים.

וההוראה: על ידי התפילה, שנתקנה במקום הקרבנות, ועל ידי העסק בתורת עולה כו', ממשיכים גילוי השכינה בבית קודש הקדשים, ומשם לכל העולם כולו.