כפל הנחמה בפסוק "נחמו נחמו עמי" הוא כנגד הנחמה על בית ראשון ובית שני, וא"כ צריך לומר שישנה מעלה בבית שני על בית ראשון.

ויובן בהקדים החילוקים בין המשכן וב' בתי המקדש. דהמשכן הי' בבחי' גילוי אור מלמעלה, ולכן המקום שבו עמד המשכן לא נתקדש, משא"כ קדושת בית המקדש הי' גם מצד המטה, ולכן ענינו הוא זיכוך הנבראים, ולכן הקדושה נשארת לעולם. אך בגילוי מצד המטה גופא ישנם ב' בחי', ישנו הגילוי שהוא בדוגמת התלמיד שיכול להגיע לאמיתית הכוונה  בכח עצמו, אך זה גופא הוא מצד ההשפעה שקיבל מהרה. וזהו בחי' בית ראשון. ובית שני הוא בחי' הזיכוך שנעשה בנבראים מצד עצמם, מצד האלוקות שבדבר הגשמי.

והמשכן וב' בתי מקדשות הם בבחי' תורה - גילוי מלמעלה, מצות - זיכוך הנבראים, ועבודת התשובה - שהתעורורת תשובה אינו מצד הגילוי מלעלה, שהרי הוא נפרד מאלוקות, אלא מצד פנימיות האדם עצמו.

והנה, בפרשת ואתחנן ישנו חיבור בין התוכחה, שענינה עבודת התשובה, זיכוך המטה, ועשרת הדיברות, שאז היו ישראל בבחי' צדיקים שעבודתם הי' מצד הגילוי מלעלה (ועד"ז מבואר בדא"ח ש"ואתחנן" בגמטריא תקט"ו שהוא בחי, חיבור מוחין ומדות, עליון ותחתון). וזהו הקשר בין פרשת ואתחנן להפטרת "נחמו נחמו עמי", נחמה על ב' בתי המקדשות ע"י בית השלישי שבו יהי' חיבור ב' המעלות דהמשכה מלמעלה, בית ראשון, וזיכוך הנבראים, בית שני.