סיום וחותם ספר שמות הוא "בכל מסעיהם", ועל פי הכלל ש"הכל הולך אחר החיתום" צריך לומר שענינו של ספר שמות - כביאור המדרש "שבו יצאו מאפילה לאורה" - (כולל גם "הבאים מצרימה" שבהתחלת הספר) מתבטא בסיום וחותם הספר.  

ויובן בהקדים פירוש רש"י על "בכל מסעיהם": "לפי שממקום החניה חזרו ונסעו לכן נקראו כולם מסעות". והביאור בזה: בני ישראל אינם אמצעי לענין אחר, אלא התכלית הוא בהם גופא. ואם כן צריך לומר שכשבני ישראל מתעלים למדריגה נעלית יותר מתעלית גם כן מדריגתם הקודמת (ולא רק שהמדרגה הקודמת היא הכנה להעילוי הבא לאחר זה, כי אז יוצא שאז היו מצב בני ישראל רק אמצעי לענין אחר). וזהו שגם החניות נקראים מסעות, כי על ידי המסעות שלאחרי זה מתעלים החניות גופא.

והנה, אדה"ז מבאר שהטעם שנאמר "אלה מסעי גו' אשר יצאו מארץ מצרים" – "מסעי" לשון רבים, אף שהיציאה ממצרים היה רק מסע אחד - הוא מפני שכל זמן שלא הגיעו לירדן יריחו נמצאים עדיין במצרים - במיצרים וגבולים. ואם כן מזה שגם החניות (ענין הגלות – היפך מהמסעות דיציאת מצרים) נקראו מסעות מובן שבנוגע לבני ישראל מתעלה הגלות, כי בפנימיות ובהעלם הגלות הוא ענין של גאולה.

וזהו שסיום הספר הוא ב"בכל מסעיהם", שלאחר כל העילוים דבני ישראל – הגאולה ממצרים, ומתן תורה, והשראת השכינה במשכן – אומרת התורה שבפנימיות התחילה העליה עוד בהיותם במצב ד"הבאים מצרימה".