ברש"י (ל, י): "קדש קדשים: המזבח מקודש לדברים הללו בלבד ולא לעבודה אחרת". המפרשים ביארו שכוונת רש"י הוא, שאף שהמזבח אינו בקודש הקדשים אלא בקודש, מכל מקום נקרא "קודש קדשים" שהוא מקודש לקדשים אלו דוקא.

אך לפי זה צריך להבין כמה ענינים ומהם: בפסוק נאמר "קודש קדשים הוא לה'" – שהמזבח מקודש לה', ומפירוש רש"י משמע שהמזבח מקודש לקדשים – לעבודה.

ובכללות הענין צריך להבין: הלשון "קודש קדשים" נאמר גם לפני פסוק זה בשייכות למזבח החיצון, ושם לא פירש רש"י מאומה.

והביאור: הקושי לרש"י אינו מדוע נאמר "קודש קדשים" (מאחר שהמזבח הפנימי הוא רק קודש) – דאדרבא לשון זה נאמר כבר בשייכות למזבח החיצון. אלא הקושי הוא מדוע צריך להיאמר, דלכאורה זה מובן בפשטות. ועל זה מפרש רש"י שכוונת הכתוב הוא ליתן טעם על "לא תעלו עליו קטרת זרה גו'" (שבפסוק הקודם), והוא מפני שהמזבח מקודש, ומדגיש "לדברים הללו", ואינו כותב לקדשים הללו, כי לרש"י "קדשים" קאי על המזבח. שמפני שהמזבח הוא "קודש קדשים" לכן "לא תעלו עליו" דברים הללו. היינו שהציווי שלא להעלות אינו קשורה עם העלאת דבר זר – עולה וכיו"ב – אלא תוכן הציווי קשור בקדושת המזבח, שאסור להוריד את המזבח מקדושתו.  

מהענינים מופלאים דחלק ההלכה: המנחת חינוך מקשה (ונשאר בצע"ג) מדוע כל הפרטים דהפסוק "לא תעלו עליו קטורת זרה ועולה ומנחה ונסך לא תסכו עליו" נכללים בלאו אחד (לפי כל מוני המצוות)? דלכאורה הרי זה כמו "לא תוכל לאכול בשעריך מעשר דגנך ותירושך ויצהרך", שכל אחד הוא לאו בפני עצמו מפני שהתורה מדגישה שהאיסור הוא על אכילת כל אחד בפני עצמו (דלא כ"את כספך לא תתן לו בנשך ובמרבית לא תתן אכלך" (בהר כה, לז) שנמנה כלאו אחד, כי האיסור אינו על "אכלך" ו"כספך" אלא הוא איסור כללי על כללות הלואה בריבית, שהרי האיסור אינו רק על אוכל וכסף אלא על כל דבר), ואם כן על דרך זה בנדון דידן שהתורה מדגישה כל פרט בפני עצמו, וא"כ כל פרט צריך להיות מצוה בפני עצמה? ועל פי פירוש רש"י הענין מובן, דהתורה מוסיפה איסור כללי על ידי אמירתה שהמזבח הוא "קודש קדשים" – ולכן אסור להעלות עליו כל דבר שאינו ראוי לעלות על קודש קדשים.

מיינה של תורה: מזבח החיצון הוא חיצוניות הלב ומזבח הפנימי הוא פנימיות הלב. והנה הענינים הגשמיים צריכים לקיים רק "לשם שמים" וכדי שיהיה "דעהו", ואם כן יכול האדם לחשוב שהענינים הגשמיים יכולים להיעשות גם בפנימיות הלב שהרי הם "לשם שמים". ועל זה הוא ההוראה שהמזבח הפנימי הוא מקודש לקודש הקדשים בלבד, ובדרך ממילא יודעים ש"לא תעלו עליו כו'".

ולכן קטורת ונסך הם מצוה אחת, כי בפנימיות הלב – בבחינת היחידה ששם נרגש בחינת יחיד – נרגש שכל המצוות הם ענין אחד שבא ממצוה המצוות. ודוקא כשהמצוות באים בחיצוניות הלב, ומדובר בנוגע לשכר ועונש – גילויים – אזי חילקו הכתוב לעבור עליו בשני לאווין, כי שם נרגש איך שהמצוות באו בהתחלקות.

ומזה ש"המזבח מקודש" לומדים בדרך ממילא ששאר העבודות אסורות. דאף שבחינת חיה שייכת לעולמות, וממילא אין מציאות העולם מופרכת, הנה לגבי בחינת היחידה הרי העבודות הזרות מופרכות בדרך ממילא כי היא למעלה משייכות לעולמות.