באגרת התשובה פרק ד' מבאר אדה"ז את הד' אותיות של שם הוי', ובסוף הפרק מבאר ענינם בנפש האדם: "בחי' שכל הנעלם מרומז באות יו"ד שבכחו לצאת אל הגילוי להבין ולהשכיל באמיתתו ית' ובגדולתו... וכפי אשר מעמיק שכלו ומרחיב דעתו ובינתו להתבונן בגדולתו ית' אזי מרומזת בינתו באות ה"א שיש לה רוחב וגם אורך המורה ההמשכה מלמעלה למטה להוליד מבינתו והתבוננותו בגדולת ה' אהבה ויראה ותולדותיהן במוחו ותעלומות לבו ואח"כ בבחי' התגלות לבו. ומזה נמשכה עבודה האמיתית בעסק התורה והמצות בקול ודבור או מעשה הן אותיות וא"ו ה"א וכו'. וגם ההתבוננות להבין ולהשכיל באמתתו וגדולתו ית' נמשכה ג"כ מהתורה דאורייתא מחכמה נפקא היא בחי' יו"ד של שם הוי' וכו'".

ומדייק אאמו"ר: "נקט ב' דברים באמיתתו ובגדולתו, ואח"כ במרחיב דעתו ובינתו נקט רק בגדולתו... ובסוף הפרק כשנקט וגם ההתבוננות כו' נקט עוד הפעם באמתתו וגדולתו ית', ב' הדברים אמתתו וגדולתו". 

והביאור בזה: "אמתתו" הוא בחי' חכמה - שבה מאיר הענין כפי שהוא באמת, ו"גדולתו" הוא בחי' בינה שהיא השגת הפרטים כל חד לפום שיעורה דילה. והנה, בתחילה מדבר אדה"ז על כח המשכיל שהוא השורש לחכמה ובינה (דהרי כתב "שבכחו לצאת אל הגילוי להבין ולהשכיל" - ובאם הכוונה הוא לבחי' בינה מדוע אומר "להשכיל" שקאי על בחי' החכמה, אלא שצריך לומר שמדבר בכח המשכיל שהוא השורש דחכמה ובינה) ולכן מביא ב' הענינים ד"אמיתתו" "וגדולתו" (ותיבת "ית'" מפסיק ביניהם, כי כשמתגלים ישנם ב' שלבים, גילוי נקודת החכמה ואח"כ גילוי הבינה). ובהמשך הענין מדבר רק על בחי' בינה ולכן אומר רק "גדולתו ית'". ובסוף הפרק אומר "להבין ולהשכיל" - חכמה ובינה - ולכן מביא את ב' הלשונות "באמתתו וגדולתו ית'". 

אך בעצם הענין צריך להבין, מדוע אומר שהיו"ד מורה על כח המשכיל ולא חכמה הגלויה (כמו שבנוגע לאות יו"ד דשם הוי' למעלה אומר שקאי על חכמה)?

ויובן בהקדים שבנוגע לשם הוי' שבנפש מדגיש אדה"ז שכל מדריגה הוא השורש ומקור למדריגה שלמטה ממנו (באות יו"ד: "שכל הנעלם כו' שבכוחו לצאת אל הגילוי" ובאות ה"א: "ומזה נמשכה כו'"). כי רוצה להדגיש שהד' אותיות שבנפש האדם אינם רק דוגמת ד' אותיות שלמעלה אלא שד' אותיות של הוי' עצמם מאירות בנפש האדם. וזהו שממשיך "וגם ההתבוננות להבין ולהשכיל באמתתו וגדולתו ית' נמשכה ג"כ מהתורה דאורייתא מחכמה נפקא" - דע"י התורה מתגלה שהנשמה היא חלק משם הוי' ב"ה ועי"ז "נמשכה עבודה האמיתית" – שאור ה' מקיף את הנפש מראשה ועד רגלה. 

וכדי לבאר שגם בחי' חכמה קשור אם "העבודה האמיתית בתומ"צ" מצרף אדה"ז את חכמה ובינה – "באמתתו וגדולתו ית'" - שגם לחכמה יש שייכות להמדות שבאים מבינה, כי בבינה מאיר נקודת החכמה. ולכן מביא את ה"שכל נעלם" שמחבר חכמה ובינה. ולהוסיף ביאור בשייכות דחכמה למעשה המצוות (אף שהמוח הוא "למעלה מעלה מכח המעשה" - משא"כ "הלב הוא ג"כ חומרי", וא"כ לכאורה בחי' החכמה אינה קשורה עם "העבודה האמיתית") אומר אדה"ז "וגם ההתבוננות להבין ולהשכיל באמתתו וגדולתו ית' נמשכה ג"כ מהתורה דאורייתא מחכמה נפקא היא בחי' יו"ד של שם הוי'" וא"כ בההתבוננות - שנמשכת מהתורה - יש הארת שם הוי' דלמעלה. 

ועפי"ז יובן הערת אאמו"ר בהמשך הענין: "נקט ב' לשונות מבינתו והתבוננותו, וכן מקודם נקט ב' לשונות הללו ובינתו להתבונן כו'". והביאור בזה: בינה קאי על עצם הבנת הדבר והתבוננות הוא ההעמקה בהענין באופן שיפעול עליו (תבונה מלשון בן ובת - מדות). ולכן מביא אדה"ז את ב' הלשונות כי כוונתו להדגיש שגם השכל קשור למדות ועי"ז ל"העבודה האמיתית".