כתב הרמב"ם בספר המצות (עשה עג): "שצונו להתודות על העונות כו' והוא אמרו והתודו את חטאתם אשר חטאו". 

והנה, ישנם ג' ביאורים בזה שהרמב"ם אינו מונה את התשובה כמצוה ומונה רק את הוידוי: (א) ביאור המנחת חינוך שתשובה אינה מצוה, והמצוה היא רק שאם רוצה לעשות תשובה יעשה אותה על ידי הוידוי - על דרך גירושין, וטוען ונטען, וכיוצ"ב. (אך ביאור זה קשה שהרי בכותרת הלכות תשובה כותב הרמב"ם "מצות תעשה אחת והוא שישוב כו'"). (ב) מצות התשובה הוא מהמצות הכוללים שאינם נמנים - שהרי המצוה היא רק לקיים את כל המצות ואין בה מעשה מיוחד "זולת מה שידענו", ורק הפעולה דהוידוי נמנית כי יש בה משהו מיוחד "זולת מה שידענו". (וגם ביאור זה קשה, שהרי בתשובה ישנה חרטה על העבר ועזיבת החטא, וחרטה על העבר הוא "מעשה מיוחד"). (ג) התשובה ווידוי הם ב' חלקים דמצוה אחת, שאם מתודה ואינו עושה תשובה בלבו אין כאן מעשה תשובה בכלל (על דרך שתפילה ללא הכוונה הכללית שמתפלל לה' אינה תפילה), ומונים רק את חלק הווידוי, כי כשישנם ב' חלקי מצוה (א: מחשבה ב: דיבור ומעשה) מונים רק את חלק המעשה. 

ויש לומר ש"אלו ואלו דברי אלוקים חיים", ובתוכן הרוחני של מצות תשובה ישנם ג' ענינים אלו. ובהקדים, שכל המצות הם אברים פרטיים, אך כשישנו חיסרון באבר מסויים צריך להמשיך חיות חדש מעצם הנפש וזהו בחינת התשובה. 

ועל פי זה יובן שיטת המנחת חינוך שתשובה אינה מצוה, והשיטה שתשובה הוא ענין כללי, כי מצוה הוא אבר פרטי ותשובה היא המשכה כללית מעצם הנפש. והנה, כשישנה ציווי אזי העשיה היא רק מחיצוניות הנפש, וכשהדבר בא מעצם הנפש אזי הוא בבחירתו החפשית ולא מצד ההכרח, ולכן התשובה אינה מצוה כי היא באה מעצם הנפש בבחירתו החפשית (וזהו שהרמב"ם הביא את העיקר דבחירה חפשית בהלכות תשובה).

אך לפי אדמו"ר הזקן והרמב"ם (אופן הג' הנ"ל) התשובה היא מצוה פרטית, כי תכלית התשובה הוא שיהיה "תשובה ומעשים טובים" - להכניס אור וחיות במצוות הפרטיות ולא לברוח מהעולם. וזה מודגש בזה שגם התשובה שבלב היא מצוה פרטית, כי תכלית התשובה הוא להביא תוספת חיות במצוות פרטיות.