בפרק שני מהלכות תלמוד תורה מבאר אדמו"ר הזקן שמי שאינו יכול ללמוד את כל התורה כולה צריך שיהיה כל לימודו בהלכות הצריכות, ואם אחר שלמד את כל ההלכות הצריכות וחוזר עליהן יש לו זמן נוסף, אזי ילמוד את שאר ההלכות שהם פירוש כל תרי"ג מצוות במשנה וברמב"ם.

וצריך להבין הרי לעיל כותב אדמו"ר הזקן שבלימוד הלכות בלא טעמים נקרא בור, וא"כ לכאורה עדיף ללמוד ההלכות בטעמיהן בדרך קצרה מאשר ההלכות במשנה וברמב"ם (שהמשנה והרמב"ם אינם מבארים את טעמי ההלכות)?

ויש לבאר זה בהקדים הגדר דמצות תלמוד תורה. דיש לומר שהרמב"ם סובר שישנו חיוב מיוחד בלימוד התורה שאינו קשור עם קיום המצוות (ש"ולמדתם אותם" קאי על לימוד התורה, ו"ושמרתם לעשותם" קאי על קיום המצות). ואדה"ז סובר שגדר מצות לימוד התורה הוא ידיעת תרי"ג מצות (ש"ולמדתם אותם" הוא חלק מ"ושמרתם לעשותם"), ולכן קורא להלכות "עיקר תורה שבעל פה" ואינו מזכיר את ההגדות.

והנה, אף שאדה"ז אומר ש"פירוש כל תרי"ג מצות התורה" הוא הלכות בטעמיהן דוקא, מ"מ מצינו שקורא גם למשנה פירוש תרי"ג מצות. כי כוונתו שללא ידיעת הטעמים אין זה שלימות הידיעה. ולכן מדגיש שללא הטעמים רק אסור להורות, אך מ"מ נקרא לימוד פירוש תרי"ג מצות.

ועל פי זה יש לבאר דברי אדמו"ר הזקן שצריך ללמוד כל ההלכות במשנה או ברמב"ם (אף שאין זה הלכות בטעמיהן, ולשיטתו צריך ללמוד את טעמי ההלכות, כנ"ל), כי מכיון שמדובר בנוגע למצות שאינן שייכים עתה (קרבנות, טהרות וכיוצ"ב) א"כ הלימוד אינו בשביל לידע את המעשה אשר יעשון אלא בשביל קיום מצות ידיעת כל תרי"ג מצות, וא"כ עדיף לידע את כל ההלכות מאשר ידיעה שלימה יותר במקצת המצות.

וזהו חיזוק נוסף להתקנה דלימוד הרמב"ם - דגם לשיטת אדמו"ר הזקן (שצריך לדעת את טעמי ההלכות) ה"ז קיום מצות ידיעת כל תרי"ג המצות.