בנוגע לדין פסח שני צריך להבין מדוע קבעה התורה שהתשלומין דפסח הוא בחודש הבא ולא במשך שאר ימי פסח (ובפרט על פי המבואר בחז"ל שיום שביעי לטומאתם היה בערב פסח, ואם כן יכלו להקריב במשך חג הפסח)? ויש לומר שזהו המקור לביאור הצמח צדק שפסח שני קשור עם העבודה דחודש השני, שפסח ראשון הוא בחינת סור מרע – הבריחה מהרע על דרך שהיה ביציאת מצרים שבה נאמר "כי ברח העם", ופסח שני הוא מעלת האתהפכא – ענין ספירת העומר בירור הנה"ב. 

אך לכאורה קשה, דבפשטות פסח שני הוא למי שלא הקריב פסח ראשון, ולפי ביאור הצמח צדק הנה אדרבא דוקא על ידי הקדמת העבודה דפסח ראשון מגיעים להעבודה דפסח שני?

והביאור בזה: גם אלה שלא הקריבו פסח ראשון מכל מקום קיימו את כל שאר עניני הפסח – שלא אכלו חמץ כו' – ולכן ע"י עבודה זו באו בחודש השני למעלת האתהפכא. ואלו שהקריבו את פסח ראשון – שקרבן הוא ענין הקירוב להקב"ה - באים לבחינת אתהפכא בחודש השני ללא הקרבת פסח שני (כי כבר הקריבו את פסח הראשון). 

וזהו גם כן הביאור בזה שעל פי מנהג ישראל חוגגים את פסח שני בזמן הזה, על ידי אי אמירת תחנון וישנם הנוהגים לאכול מצה בפסח שני, אף שעתה אין לנו פסח ראשון, ואדרבא אין ציבור נדחה לפסח שני, ואם כן איך קובעים מנהגים לפסח שני לכלל הציבור? והביאור הוא שגם עתה ישנה העבודה הרוחנית דפסח שני הבאה לאחרי העבודה רוחנית דהקרבת פסח ראשון.