על הפסוק (א, מט) "אך את מטה לא תפקוד ואת ראשם לא תישא בתוך בני ישראל" מפרש רש"י: "אך את מטה לוי לא תפקד: כדאי הוא לגיון של מלך להיות נמנה לבדו. דבר אחר, צפה הקב"ה שעתידה לעמוד גזירה על כל הנמנין מבן עשרים שנה ומעלה שימותו במדבר, אמר אל יהיו אלו בכלל, לפי שהם שלי, שלא טעו בעגל".

הביאור בזה: בפסוק ישנו כפל הלשון "לא תפקוד גו' לא תשא גו'", ובפשטות החילוק ביניהם הוא ש"תפקוד" הוא פעולת המנין, ו"תישא" הוא קבלת סכום הסך הכול. וכוונת הכתוב הוא שלא רק ש"את ראשם לא תישא" - שאין לכלול את סכום מנינים ביחד עם מנין שאר בני ישראל אלא שאין לפקוד אותם, כי אופן המנין של בני לוי היה "על פי ה'" כפרש"י ש"הלך משה ועמד על פתח האוהל והשכינה מקדמת לפניו, ובת קול כו' ואומרת כך וכך תינוקות יש באוהל".

וזהו החילוק בין ב' הפירושים ברש"י, דלפירוש הא' - "כדאי הוא לגיון של מלך להיות נמנה לבדו" - גם רישא דקרא - "אך את מטה לוי לא תפקוד" - בא להגדיש החיוב - שצריך למנות את שבט לוי לבדו. אך לפירוש הב' - "צפה הקב"ה שעתידה לעמוד גזירה על כל הנמנים כו' אמר אלו אל יהיו בכלל" - גם רישא דקרא - "אך את מטה לוי לא תפקוד" - בא להדגיש השלילה שלא יופקדו כדי שלא תחול עליהם הגזירה שנגזרה "על כל הנמנים". (ואף שגם בני לוי נמנו, הנה הגזירה היתה "כל פקודיכם לכל מספרכם", ובבני לוי נאמר "אך את מטה לוי לא תפקוד"). 

מיינה של תורה: ג' ענינים אלו: (א) מנין בני ישראל (ב) מנין מטה לוי לבדו (ג) ו"את מטה לוי לא תפקוד" בעבודת האדם הם (א) מצות (ב) תורה (ג) ודביקות בה' במסירת נפש. (א) דהמצות ניתנו במדידה והגבלה דוקא מפני שענינם המשכת הקדושה בעולם המוגבל - בחינת מנין. ורוב בני ישראל ענינם הוא קיום המצות ולכן נמנו בדרך הטבע. (ב) ותורה היא "ארוכה מארץ מדה" אך מכל מקום יש לה שייכות למדידה שהרי היא המקור למצוות. והנה מטה לוי ענינם להורות את התורה לרבים - שהם למעלה מהעולם אך מכל מקום קשורים לשאר בני ישראל ולכן נמנו לבדם על פי ה' (וזהו הפירוש הראשון ברש"י - שמדגיש שהלוים נמנו לבדם). (ג) ואהרן כהן גדול שעליו נאמר "ומן המקדש לא יצא" לא נמנה כלל כי הוא למעלה משייכות לעולם - בחינת מסירות נפש. (וזהו הפירוש השני ברש"י שמדגיש ששבט לוי הוא למעלה ממנין).