כתב הרמב"ם (סוף הלכות מאכלות אסורות): "וכל הנזהר בדברים אלו מביא קדושה וטהרה יתרה לנפשו, וממרק נפשו לשם הקדוש ברוך הוא שנאמר והתקדשתם והייתם קדושים כי קדוש אני". והנה, מלשון הרמב"ם משמע ש"דברים אלו" קאי על הענינים שאסרו חכמים מפני שנפשו של אדם קצה מהם, ולא על כל הלכות מאכלות אסורות. וצריך להבין מדוע שבק הרמב"ם את איסור "אל תשקצו" (איסור אכילת שרצים) המפורש בקרא (יא, מג) ומביא את האיסורים מדבריהם? ובסדר המעלות צריך להבין הרי לכאורה קודם ישנו מירוק הנפש מענינים בלתי רצויים ורק אחר כך טהרה וקדושה (וכן הוא הסדר שמביאם בסוף הלכות טומאת אוכלין) ומדוע מביאם הרמב"ם בסדר הפוך בהלכות אלו - קדושה טהרה ורק אחר כך מירוק הנפש?

והביאור בזה: כוונת הרמב"ם להדגיש הלכה באופן הזהירות בדברים אלו: והוא, שצריכים להתרחק מהם לא רק מפני "שנפש רוב בני אדם קיהה מהן" אלא מפני שהזהירות בענינים אלו מוסיף קדושה בנפש. וכמו שמבאר במורה נבוכים ש"גם זה ממטרות התורה הזו כו' המטרה הראשונה היא צמצום התאוה ונקיון החיצוניות אחר נקיון הפנימיות". וזהו הביאור בסדר הענינים ברמב"ם: ככל שעולה האדם למדריגא נעלית יותר בקדושה - קדושה וטהרה - נדרשת ממנו זהירות יתירה גם מענינים שלפני כן לא נחשבו רבב - ולכן לאחר קדושה וטהרה אומר "וממרק נפשו". 

ויש לבאר הוספת הרמב"ם "לשם הקב"ה": כשהאדם מקיים את המצות לשם הקב"ה יתכן לומר שזהו מפני שאינו מבין את המעלה במצות אלו ולכן מקיים אותם לשמה ולא לשם התועלת שיש לו מזה. אך בנדון דידן כשהמדובר בענינים ש"נפש רוב בני אדם קיהה מהן" הנה רק אז מודגש שלימות ב"לשמה", שכל כולו מסור ונתון לה' שגם ענינים שמחוייבים מצד טבע גופו מקיים רק לשם הקב"ה. וזהו "וממרק נפשו" שהכוונה היא למירוק הנפש מכל ענין של מציאות וישות. וזהו עומק הכוונה במורה נבוכים ש"נקיון החיצוניות אחר נקיון הפנימיות" כי דוקא לאחר נקיון הפנימיות יכול האדם להגיע למדרגה שבו נקיון החיצוניות הוא רק לשמה. 

וזהו שהרמב"ם מביא את הפסוק "כי קדוש אני" - דלא כבטומאת אוכלין ששם מביא את הפסוק 
"אני ה' מקדשכם" - כי כאן ההדגשה היא שאינו מקיים את המצות עבור הקדושה שיהיה לו מזה - "מקדשכם" - אלא מפני רצון ה' - "כי קדוש אני".