על הפסוק (טו, יז) "מקדש אדני כוננו ידיך" איתא במכילתא והובא ברש"י: "חביב בית המקדש לפני הקב"ה שכשברא הקב"ה את עולמו לא בראו אלא ביד אחד כו' וכשבא לבנות בית המקדש כביכול בשתי ידיו כו' שנאמר מקדש ה' כוננו ידיך אימתי תבנהו בשתי ידיך כו' ה' ימלוך לעולם ועד". היינו שסובר שבית המקדש הוא מעשי ידי הקב"ה. אך בגמרא איתא "גדולים מעשי צדיקים יותר ממעשה שמים וארץ כו' ואילו במעשה צדיקים נאמר מכון לשבתך כו' מקדש ה'", דהיינו שמפרש שהמקדש הוא מעשה ידי בני אדם.

והנה אין לפרש שתלוי בהפלוגתא האם בית המקדש דלעתיד יגלה מן השמים או יבנה ע"י בני אדם, דהרי שיטת רש"י הוא שירד מן השמים, וא"כ איך מפרש את הגמרא היפך שיטתו. ולכן יש לפרש שהפלוגתא היא האם המדובר במקדש הא' (והב') - וזהו שיטת הגמרא שפסוק זה הוא מעשי ידי צדיקים, או שהמדובר הוא במקדש הג' שהוא מעשי הקב"ה - וזהו שיטת המכילתא ורש"י.

אך על פי זה צריך להבין מדוע מפרש רש"י בפשוטו של מקרא שפסוק זה קאי על מקדש דלעתיד, דלכאורה אין זה פשוטו של מקרא, שהרי על פי זה השירה מרמזת גם לחורבן בית המקדש הראשון והשני (כמו שהאריך במכילתא "משל ללסטים שנכנסו לפלטרין של מלך כו' לאחר זמן ישב המלך עימהם לדין").

והביאור: מה שפירש רש"י "לעתיד לבוא כשכל המלוכה שלו" הוא הסברו של רש"י – שענין זה יתקיים לעת"ל - אך בני ישראל התכוונו שזה יתקיים במקדש שיבנו מיד בכניסתם לארץ.

ויש לומר, שג' שיטות אלו תלויים בג' אופנים בלימוד לשונה של שירה: (א) לפי פשוטו: בשירה ישנם כפל לשונות ליופי המליצה, שזהו שיטת הגמרא ש"ה' ימלוך לעולם ועד" אינו ענין חדש (מקדש דלעתיד), אלא המשך ל"מקדש אדנ-י כוננו ידיך" (המקדש הא'). (ב) לשיטת המדרש דורשים כל ענין בפ"ע, ולכן מפרש המכילתא ש"ה' ימלוך לעולם ועד" הוא ענין חדש - המקדש דלעתיד. (ג) ויש לומר שלרש"י ישנו שיטה ממוצעת, שהכפל בשירה מוסיף פרט באותו ענין (אך אינו ענין חדש). ולכן מפרש ש"ה' ימלוך לעולם ועד" מוסיף פרט חדש על המקדש שיבנו מיד בכניסתם לארץ, וההוספה היא שה' יבנה את בהמ"ק בשתי ידיו.

ובעומק יותר יש לומר בביאור החילוק בין ג' הפירושים. בהקדים שהקשר בין שירת הים לבהמ"ק הוא, כביאור הרמב"ן, שבקרי"ס התגלה מלכותו של הקב"ה, ושלימות הגילוי הוא בבהמ"ק. ולהמכילתא, ענין השירה כולל את כל שאר השירות עד תחיית המתים, ולכן אומר שבשירה זו מרומזת השלימות דגילוי מלכותו של הקב"ה – לעתיד לבוא. ואילו לרש"י השירה קאי על מלכותו של הקב"ה כפי שמתגלה ביציאת מצרים וקרי"ס, ובהמשך לזה בבנין הבית מיד כשנכנסו לארץ - בשתי ידיו כנ"ל.

והנה, המכילתא מדגיש שמלכותו של הקב"ה מתבטאת באיבוד המנגד - "לאחר זמן ישב המלך עליהם בדין ותפס מהם הרג מהם כו'", ואילו רש"י מדגיש שמלכותו של הקב"ה מתבטא בזה ש"כל המלוכה שלו", שגם כל העמים יהפכו "לעבדו שכם אחד".